在電磁波作用下，水中的成垢物質(zhì)可以加速成核，但成垢顆粒的繼續(xù)長大會受到抑制。當(dāng)水溶液受磁場作用時，水溶液中的帶電離子（如Ca2+和CO32-）被約束在磁力線周圍，使得這兩種離子相互撞擊的幾率增大并加速了CaCO3的成核過程，而在這種快速成核情況下生成的碳酸鈣晶體是不穩(wěn)定的，多呈現(xiàn)文石或球霰石結(jié)構(gòu)。
同時電磁波的作用使水分子的偶極矩和極性增大，限制了極性水分子的運(yùn)動，將快速生成的CaCO3微小晶粒束縛在溶液中，從而抑制了CaCO3晶粒的繼續(xù)長大，導(dǎo)致水中微小的CaCO3晶粒增多，但穩(wěn)定性減弱，使其不易附著于管壁而達(dá)到阻垢的目的。
2、氫鍵斷裂機(jī)理
在自然條件下，水分子通過分子間的氫鍵締合為分子團(tuán)簇。在電磁波作用下，這些水分子團(tuán)和水中的成垢顆粒發(fā)生持續(xù)性的振動。當(dāng)水分子的振動頻率等于或正比于電磁波的振動頻率時，便產(chǎn)生了共振，使得水分子氫鍵發(fā)生扭曲和彎曲，甚至斷裂。從而改變水的物理化學(xué)性質(zhì)，降低水的表面張力，增大成垢物質(zhì)在水中的溶解度，達(dá)到溶垢除垢目的。
3、晶體轉(zhuǎn)換機(jī)理
碳酸鈣晶體主要有三種晶型：方解石、文石和霰石。方解石型碳酸鈣具有菱形的立方體晶體結(jié)構(gòu)；文石型碳酸鈣具有長度和直徑相對較大的斜方體晶體結(jié)構(gòu)，通常呈針狀或柱狀；而霰石碳酸鈣大多具有六方體結(jié)構(gòu)，通常呈球形。方解石型碳酸鈣在換熱面沉積通常會形成致密的硬垢，不易去除；而文石和球霰石通常形成易清除軟垢，危害性較小。
低頻電磁波的存在改變了水中碳酸鈣分子的Zeta電位，增加碳酸鈣分子碰撞機(jī)率，使其提前碰撞形成大分子沉降，以文石和霰石的形式存在，即電磁處理通過改變碳酸鈣的晶型來達(dá)到阻垢的目的。
4、防腐機(jī)理
對鐵磁性金屬，電磁波作用下會產(chǎn)生磁場梯度力，該力作用在順磁性金屬上可使順磁性的腐蝕產(chǎn)物更好地吸附在金屬表面，形成一層較為致密的保護(hù)膜，有效抑制金屬腐蝕。對于已經(jīng)發(fā)生腐蝕的金屬，在磁場作用下，點(diǎn)蝕坑內(nèi)會形成磁場梯度力，而磁通密度位于點(diǎn)蝕坑的邊緣。該磁場梯度力作用于順磁性材料，可吸引具有順磁性的侵蝕性離子轉(zhuǎn)移到點(diǎn)蝕坑的外部，以減緩點(diǎn)蝕的發(fā)生。
5、殺菌滅藻機(jī)理
水藻、細(xì)菌等均須依附在某一物體上才能開始捕食、繁殖。低頻電磁波裝置能夠避免換熱器管壁形成水垢等生物附著區(qū)，使水藻、細(xì)菌分散在循環(huán)冷卻水中，從而不能形成大量的生物膜，促使生物膜逐漸消亡。同時電磁波的作用下，會使菌藻等微生物DNA斷裂，新陳代謝受到抑制，從而起到殺菌滅藻的作用。
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